Folkehelseinstituttet avdeling Bergen har ansvar for nasjonale oppgaver knyttet til smittevern samt psykisk og fysisk helse. Instituttet arbeider med miljømedisin og epidemiologi, og håndterer spørsmål relatert til rusmidler. I tillegg tilbyr de rådgivnings- og vakttelefoner for å bistå befolkningen med helserelaterte henvendelser.
Avdelingen utfører laboratorieanalyser og samler inn statistikk for å støtte folkehelsearbeidet. De utarbeider veiledere, håndbøker og rapporter som er tilgjengelige for både fagpersoner og allmennheten. Folkehelseinstituttet gjennomfører også folkehelseundersøkelser og publiserer statusrapporter om aktuelle helseutfordringer, som covid-19 og influensa. Videre arrangerer de kurs og andre arrangementer for å spre kunnskap og informasjon om folkehelse.
Tilgang til helseregistre og andre registre er en viktig del av instituttets arbeid, som bidrar til bedre forståelse av helsetilstanden i befolkningen og informerer om nødvendige tiltak for å forbedre folkehelsen.