Kystverket Sørøst har ansvar for å sikre trygg og effektiv ferdsel langs kysten. Dette inkluderer nasjonal beredskap mot akutt forurensning, hvor de har etablert prosedyrer for å håndtere slike situasjoner. Kystverket tilbyr også digitale tjenester, blant annet for bestilling av los, som er viktig for navigasjon i norske farvann.
I tillegg til beredskapsarbeid, engasjerer Kystverket Sørøst seg i vedlikehold av fyr og navigasjonsutstyr, som er essensielt for maritim sikkerhet. De deltar aktivt i anbudsprosesser for maritime prosjekter, og gir informasjon om værvarsler som kan påvirke ferdsel til sjøs. Kystverket har også et fokus på rekruttering av losaspiranter, noe som bidrar til å styrke den maritime kompetansen i regionen.