Kystverket Tromsø har ansvar for å sikre en trygg og effektiv ferdsel langs kysten og inn til havner. Kontoret spiller en sentral rolle i den nasjonale beredskapen mot akutt forurensning, og arbeider aktivt med tiltak for å håndtere miljøhendelser. Dette inkluderer kartlegging av skader som kan oppstå etter slike hendelser.
Videre har Kystverket Tromsø ansvar for drift og vedlikehold av fyr og sjømærker, som er viktige navigasjonsmidler for sjøfarende. Kontoret tilbyr også digitale tjenester, som for eksempel bestilling av los, og er involvert i anbudsprosesser for maritime prosjekter. I tillegg gir de informasjon om isforhold i farvannet, noe som er essensielt for sikker navigasjon i arktiske områder.